清算組織正式成立后，公司即開始進入實質性清算程序。具體包括：
(一)清理公司財產，分別編制資產負債表和財產清單。清算組織要全面清理公司的全部財產，不僅包括固定資產，還要流動資產;不僅包括有形資產，還包括無形資產;不僅包括債權，還包括債務。在清理后，清算組需要編制資產負債表和財產清單，作為下一步工作的基礎。
(二)通知、公告債權人并進行債權登記。清算組應當自成立之日起十日內通知債權人，并于六十日內在報紙上公告。債權人應當自接到通知書之日起三十日內，未接到通知書的自公告之日起四十五日內，向清算組申報其債權。債權人申報債權，應當說明債權的有關事項，并提供證明材料。清算組應當對債權進行登記。在申報債權期間，清算組不得對債權人進行清償。為了防止清算組對個別債權人進行優先清償，新法增加規定了在債權申報期間，清算組不得對債權人進行清償的法定義務。
(三)提出財產估價和清算方案。清算組在清理公司財產、編制資產負債表和財產清單后，應當制定清算方案，提出收取債權和清償債務的具體安排，并報股東會、股東大會或者人民法院確認。
(四)分配財產。清算的核心任務是分配財產。根據公司法第一百八十七條的規定，財產的分配順序依次為：(1)支付清算費用;(2)支付職工的工資、社會保險費用和法定補償金;(3)繳納所欠稅款;(4)清償公司債務;(5)上述四項款項清償完畢之后的公司剩余財產，有限責任公司按照股東的出資比例分配，股份有限公司按照股東持有的股份比例分配。取得公司剩余財產的分配權，是公司股東自益權的一項重要內容，是公司股東的基本權利。在分配方式上可采取貨幣分配、實物分配或者作價分配等形式，其基本要求是：既要最大限度保護股東的權益，又要體現平等和公平分配的原則。清算期間，公司存續，但不得開展與清算無關的經營活動。公司財產在未按照上述規定清償前，不得分配給股東。